Annotatorはウェブページにアノテーションを付与する機能を実装できるオープンソースのJavaScirptライブラリです。シンプルなものであれば、自分のウェブサイトにアノテーションを付与する機能を簡単に実装できるようです（自分では試していない）。開発はOpen Annotation関係者のようですので、Open Annotation Data Modelを使用しているのだろうと思います。（Open Annotation系の語彙を追加するモジュールもあるようですし）
Annotator
http://annotatorjs.org
拡張しやすいように開発されているらしく、プラグインで機能を追加することもできます。サードパーティのプラグインの開発も歓迎しているようで、サードパーティのプラグインが以下で公開されています。映像にアノテーションを付与する機能を追加するプラグインやWordpressやDrupalといったCMSのモジュールとしてプラグインなど様々なタイプのプラグインが公開されています。まだ無いですが、EPUBやPDF、画像、音声にアノテーションを付与するようなサードパーティによるプラグインの開発なども想定しているようです。
このライブラリを使用しているサービスが以下に公開されています。教育分野での利用が結構多い。見覚えのあるUIだと思ったら、Hypothes.isもこのライブラリを使用しているんですね。
開発者であるNick Stenning氏がこの4月に行われたI Annotate 2014でAnnotatorを紹介しています。